La storia del gioco è contenuta nella modalità Extreme Force, preludio agli eventi di Gundam EXA. La storia ruota attorno al piano "Project Force", messo in moto per aiutare l'umanità a evolversi ed evitare un annientamento totale dopo aver osservato gli eventi dell'Universal Century. Per fare questo, due simulatori di combattimento virtuali, Aire e Tereno, creano una personalità umana partendo dall'IA del database per tuffarsi nelle ricreazioni virtuali dell'Universal Century, collegarsi con vari piloti provenienti dalle diverse linee temporali e evolversi nella speranza di scoprire un modo per salvare l'umanità dall'orlo della distruzione. Man mano che il giocatore prosegue, iniziano a comparire irregolarità che mettono a rischio il progetto. Ben presto si scopre che queste irregolarità sono in realtà state create dal programma di controllo del Progetto stesso, rivelandone l'intento attraverso il dirottamento di Aire e Tereno. Per accelerare, secondo i suoi termini basati sui dati accumulati, l'evoluzione dell'umanità, ha creato conflitti tramite queste irregolarità, credendo che l'evoluzione nasca dalla disperazione. Quindi offre al giocatore la scelta di scegliere tra Aire o Tereno per conferire al prescelto il potere e i dati necessari per portare avanti il proprio piano, distruggendo l'altra. Alla fine, il giocatore finisce per raccogliere i frammenti di Aire o di Tereno e li riporta al loro stato normale. Scoprendo che Project Force è finalizzato a "evolvere" l'umanità attraverso la guerra, Aire, Tereno e il giocatore decidono di fermare il progetto e proteggere l'umanità, anche sapendo che il piano per aiutare gli esseri umani a evolversi per evitare l'estinzione potrebbe mettere a repentaglio chiunque. Mentre il giocatore e i navigatori progrediscono verso il programma di controllo, questo costruisce varie difese basate sui dati delle armi più potenti dell'Universal Century. Alla fine raggiungono il nucleo di Earth 0, che si rivela essere Extreme Universe. Dopo un combattimento straziante che vede ondate di duplicati dei malvagi dell'Universal Century e uno scontro finale con lo NZ-999 Neo Zeong, riescono a sconfiggere il programma di controllo. Tuttavia, prima che il programma perisca nel processore, avvia un disperato ultimo tentativo di costringere l'umanità, innescando una sequenza di autodistruzione nella stazione orbitale di Earth 0 per tentare il proprio "colony drop". Con poco tempo rimasto, Aire e Tereno cercano di unirsi e diventare il nuovo Control Program e fermare la stazione dall sgancio, sacrificando le proprie identità nel processo per salvare il giocatore. Prima che Aire svanisca, concede al giocatore un nome e spera che un giorno salveranno l'umanità, attribuendogli il nome --extra--. Poco tempo dopo, i pensieri del protagonista si fanno finalmente udire mentre si risveglia con ricordi frammentati. Circondato dal calore dei ricordi dei suoi amici, cerca di pronunciare il proprio nome: ex-.