La protagonista e i suoi compagni hanno preso strade diverse. Ha scelto di riprendere la sua vita da umana laureandosi alla Melrose Girls Academy. La protagonista si riunisce con i suoi compagni a Brook Villa una volta che si iscrive all'Università Caldina, due anni dopo aver sconfitto Erebos. Due importanti eventi sono avvenuti in Arcadia: un rapido aumento della popolazione e misteriosi attacchi di mostri. Mentre la protagonista li indaga, le sue scelte influenzeranno il destino del cosmo e dei suoi amici intorno a lei.