Ogni notte, quando l'orologio segna mezzanotte, si verifica un fenomeno chiamato "The Dark Hour". Durante questa ora 'nascosta' della giornata, gli esseri umani comuni si trasformano in oggetti a forma di bara, inconsapevoli del mondo che li circonda. Inoltre, creature malvagie chiamate Shadows sembrano predare le menti degli esseri umani, infliggendo una condizione simile allo zombie nota comunemente come Apathy Syndrome. Sei un nuovo studente trasferito che arriva a Tatsumi Port Island per frequentare la Gekkoukan High School. Poco tempo dopo esserti sistemato nel tuo nuovo dormitorio, ti viene rivelato di possedere la potenzialità: la capacità di rimanere umano durante l'Ora Oscura e di combattere i Shadows con un potere interiore misterioso chiamato "Persona". Sei stato reclutato nella Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES), una società segreta di studenti dedicata a combattere i Shadows; ora devi bilanciare la tua vita scolastica, la tua vita sociale e la tua nuova vita da cacciatore di demoni.