Quattro anni dopo gli eventi di EPISODE 3 e un anno dopo gli eventi di Phantasy Star Online 2 The Animation, il giocatore viene risvegliato dalla stasi dall'operatore Xiera per accompagnare un nuovo reclutato di nome Hitsugi, un giovane ragazzo, che si sospetta abbia legami con una invasione interna di falsi membri ARKS. Durante la missione, Hitsgui viene attaccato da una massa nera misteriosa; il giocatore cerca di purificare Hitsugi, ma Hitsugi scompare prematuramente. "Hitsugi" viene rivelato essere una ragazza delle scuole superiori proveniente dalla Terra che gioca al videogioco Phantasy Star Online 2, che trova un ragazzo strano con l'aspetto del suo avatar nella sua stanza dopo il fiasco. Hitsugi chiama il ragazzo "Aru". Il giocatore viene successivamente inviato a investigare Earth. Attraverso feed video trans-dimensionale si scopre che Earth usa una mutazione parallela dei Photons chiamata Ether, che è principalmente utilizzata come metodo di trasmissione dati ad alta velocità, ma risuona anche con le emozioni e le paure del pubblico per creare mostri chiamati Phantoms. L'azienda ESC-A, che ha creato Phantasy Star Online 2, è in realtà una facciata per un'organizzazione misteriosa di Ether-sensitives nota come Mother Cluster. A opporsi a loro sono gli Earth Guides, Ether-sensitives guidati da Ardem S. Sacred, che combattono contro i Phantoms di Mother Cluster. Il giocatore, Hitsugi, e il fratello di Hitsugi Enga viaggiano in giro per il mondo per reprimere gli sforzi di Mother Cluster. Durante un attacco a Las Vegas, Hitsgui viene ucciso; ciò scatena l'attivazione dei poteri Dark Falz di Aru, che risveglia Hitsugi, la quale viene catturata e portata alla base di casa di Mother Cluster sulla Luna. Enga e il giocatore salvano Hitsugi, ma scoprono che Hitsugi era una mossa per permettere a Mother Cluster di attaccare la Nave ARKS. Il giocatore e Hitsugi tornano sulla Nave ARKS e respingono Mother Cluster, ma Mother, la leader di Mother Cluster, assorbe Aru e scappa. Gli eroi inseguono Mother di ritorno alla base lunare, dove lei rivela di essere una clonazione fallita di Xion scartata dai Photoners e cerca vendetta contro di loro. Gli eroi sconfiggono Mother, causando la separazione tra lei e Aru, e lei è redenta dagli eroi. Tuttavia, Ardem appare e uccide e assorbe Mother, rivelando il suo vero piano di inaugurare la prossima fase dell'evoluzione dell'umanità con Ether. Gli eroi si recano a Yggdrasil e affrontano Ardem, che bandisce nuovamente il giocatore nella dimensione Oracle e priva gli eroi delle loro abilità Ether. A bordo della Nave ARKS, si rivela che ad Aru resta un frammento della coscienza di Mother. Mother possiede Aru e torna sulla Earth insieme al giocatore, ristabilendo nel processo i poteri degli eroi, e sconfiggono Ardem con la loro potenza combinata.