Puyo Puyo Box offre una moltitudine di modalità di gioco disponibili all'utente. Contiene versioni portate di Puyo Puyo e Puyo Puyo Tsu, nonché una modalità quest in stile RPG in cui il giocatore interpreta Arle e combatte contro altri membri del cast nelle partite di Puyo Puyo. Contiene anche una modalità maratona chiamata Scramble Mode, in cui il giocatore affronta 10, 20 o 30 avversari, oltre a due modalità multiplayer che possono essere giocate con altri giocatori o sostituti IA. Per la modalità Quest, permette al giocatore di personalizzare l'equipaggiamento in modi che hanno reso Arle più forte, con un effetto a doppio taglio. Si possono rimuovere i Puyo Rings per potenziare il suo attacco, a scapito dell'impossibilità di vedere i pezzi successivi, per esempio, e la quantità di esperienza guadagnata e di oro vinto dipende da quanto grande sia la catena ottenuta e da quanto rapidamente l'avversario venga sconfitto. Il punto chiave del gameplay di Puyo Puyo Box è che il giocatore può scegliere un set di regole tra Puyo Puyo, Puyo Puyo Tsu, Puyo Puyo Sun e Puyo Puyo~n. Questo può portare efficacemente a battaglie a quattro giocatori in cui ogni giocatore gioca con regole indipendenti o miste. Questo gioco permette anche che si svolgano battaglie a squadre. Una modalità multiplayer speciale è stata resa disponibile in questo gioco, nota come Treasure Mode, che è stata adattata in Puyo Puyo! 15th Anniversary come la sua Excavation Mode.