Due anni dopo aver sconfitto Clockwerk, Sly Cooper irrompe al Museo di Storia Naturale del Cairo per rubare i pezzi di Clockwerk e distruggerli per porre fine una volta per tutte alla sua minaccia contro la famiglia di Sly, ma scopre che i pezzi sono già spariti. L'Ispettore Carmelita Montoya Fox e la sua nuova compagna, Constable Neyla, affrontano Sly, ma lui scappa prima che Carmelita e Neyla possano arrestarlo. Prima di fuggire, Sly sente Neyla suggerire che le prove indicano in realtà che la Klaww Gang abbia rubato i pezzi per proprio uso. Il Cooper Gang si dirige a Parigi, dove il primo membro della Klaww Gang, Dimitri, sta usando piume della coda di Clockwerk come lastre da stampa per creare denaro contraffatto. Sly e la gang chiudono l'operazione e Dimitri viene arrestato dall'Interpol. La banda si dirige quindi in India, dove il secondo membro della Klaww Gang, Rajan, espone le ali di Clockwerk a un ballo che organizza. Rajan è anche il capo di un sindacato criminale locale che coltiva e vende la "spice", una pianta illegale originaria della giungla indiana. Alla festa sono presenti anche gli altri membri della Klaww Gang e diversi agenti dell'Interpol in incognito, tra cui Carmelita e Neyla. La banda ruba le ali di Clockwerk proprio nel bel mezzo della sala da ballo, mentre Sly, in incognito, crea una distrazione ballando con Carmelita. Dopo che la Cooper Gang è fuggita con le ali di Clockwerk, Carmelita rivela la sua identità e inizia ad arrestare. La Klaww Gang fugge dalla scena, e Rajan si nasconde da qualche parte nel profondo della giungla. La banda lo rintraccia nel suo impianto di coltivazione di spezie in un tempio ormai abbandonato da lungo tempo, dove usa metà del cuore di Clockwerk per irrigare in modo intensivo le sue colture di spezie. Porta l'altra metà del cuore all'estremità di un bastone che porta sempre con sé. La banda ruba entrambe le metà del cuore e mette fuori gioco Rajan, ma arrivano Carmelita, Neyla e la Contessa. Neyla fa incriminare Carmelita per aver lavorato con la Cooper Gang nella notte in cui furono rubate le ali di Clockwerk. Lei tradisce la Cooper Gang e mette Sly, Murray e Carmelita agli arresti.