Il protagonista di Soul Sacrifice Delta è uno dei passanti innocenti che è stato schiavizzato da un potente e crudele stregone noto come Magusar, che assorbe sacrifici umani per rimanere immortale. Proprio prima che il protagonista venga sacrificato, davanti a lui appare un libro parlante. Il libro, chiamato Librom, è una raccolta di storie che descrivono battaglie passate tra mostri e il potente stregone. Il personaggio controllato dal giocatore è in grado di entrare nel mondo del libro e vivere le battaglie in eventi noti come Phantom Quests, ottenendo così l'esperienza e il potere necessari per sconfiggere Magusar.