A mezzo anno dagli eventi di Trails in the Sky Second Chapter, Liberl si è nuovamente ristabilita in pace — ma anche durante i tempi di pace, ci sono molti tra i distinti e fortunati che ardono di avidità grazie all'influenza di antichi artefatti. La maggior parte della popolazione resta all'oscuro degli abusi di potere, ma per l'ordine più enigmatico della amata Septian Church, i Gralsritter, spegnere questi presunti criminali e reclamare artefatti a loro nome è cosa di tutti i giorni quanto professare la propria fede nella Dea. Alla vigilia di un'altra missione portata a termine con successo, alto membro Father Kevin Graham viene immediatamente incaricato di recuperare un altro artefatto che giace sotto Grancel Cathedral. Inoltre, sebbene si tratti di un compito che potrebbe facilmente portare a termine da solo, deve farlo controvoglia in collaborazione con la sua nuova recluta, rookie Gralsritter e amica d'infanzia Sister Ries Argent. Così inizia l'inizio di una missione di routine che diventa tutt'altro che una routine, addentrandosi in un regno nuovo e misterioso che segue un insieme di regole inspiegabilmente rigide: Phantasma. Là dentro, la storia della Septian Church e i trascorsi dei molti volti noti che hanno preso le armi per il futuro di Liberl verranno svelati... e alcuni avrebbero fatto meglio a rimanere per sempre sigillati dietro porte chiuse.