Un giorno, una forte pioggia scese su Gensokyo. Reimu Hakurei cercò riparo in un negozio chiamato «Kourindo», ma quello che vi trovò fu solo guai. Rinnosuke Morichika, il proprietario del negozio, iniziò a comportarsi in modo strano e improvvisamente la aggredì. Le abilità di Reimu non erano all'altezza del nuovo potere che aveva acquisito, e si trovò sull'orlo della sconfitta. Si ritirò a casa, al Santuario Hakurei. Poi, con l'aiuto del saggio Kasen Ibaraki, tornò a Kourindo per indagare sulla misteriosa torre che era apparsa lì e riportare Rinnosuke alla sua ragione. Ora si aprono le tende su un nuovo incidente che minaccia Gensokyo, la battaglia per la Sfera d'Oro.