La storia del gioco ruota attorno a un gruppo di cavalieri chiamato Chevalet Blanc e a come la protagonista e i suoi cavalieri riconquistano il regno di Elesius, che è controllato dal Council of Elder Statesmen. La Princess Royal del regno è morta in un incidente, e il re è troppo malato per governare, il che ha portato all'ascesa del Council of Elder Statesmen. Come gli altri titoli di Wild Arms, si svolge sul pianeta morente Filgaia, questa volta dove le risorse naturali rimanenti, cibo, terra e beni finanziari sono al centro di continui confronti armati. Nonostante ciò, Elesius è uno dei pochi luoghi pacifici su Filgaia. Le origini di Chevalet Blanc sono tutt'altro che nobili: due Drifters, Clarissa Arwin e il suo fratello adottivo Felius, arrivano nel regno di Elesius in cerca di un Drifter chiamato Rupert Dandridge, che cinque anni fa uccise la madre di Clarissa, l'archeologa itinerante Melissa Arwin, e le sottrasse la potente spada "Iskender Bey". La missione di Clarissa è unicamente recuperare quella spada, ma non è passato molto tempo prima che lei venga scambiata per Alexia Lynn Elesius, l'erede presunta al trono di Elesius morta un anno fa in circostanze misteriose. Mentre il governo del Council of Elder Statesmen è generalmente egocentrico, la loro presenza più costante in Elesius assume la forma della "Martial Guard", una forza mercenaria "peacekeeping" che ruba e opprime impunemente. Per mobilitare i cittadini di Elesius, Clarissa si dichiara pubblicamente Alexia e fonda un movimento ribelle chiamato "Chevalet Blanc", ispirato ai Founding Knights of Elesius. Il suo obiettivo stabilito è difendere i cittadini della nazione, il che comporterà sconfiggere il Council of Elder Statesmen. Il fatto che Rupert sia il leader della Martial Guard rafforza ulteriormente la determinazione di Clarissa.