Nel maggio del 1997, un certo numero di prominenti capi di stato nel continente Usea erano assenti per un compito diplomatico con obiettivo sconosciuto, si vociferava riguardasse l'impatto dell'asteroide Ulysses 1994XF04 tra un anno. Durante quel periodo, un corpo militare di alto rango, in codice "NA-P2700", orchestrò un colpo di stato, instaurando rapidamente la sua egemonia sull'intero continente. Il loro rapido avanzamento li portò a catturare diverse aree di grande importanza in ogni settore, nonché un'arma di distruzione di massa nota come un "Missile da crociera Extra Potente". Come misura finale, le truppe filogovernative, note come Unified Command, chiedono i servizi della 92ª Squadriglia di Caccia Tattica Speciale "Scarface", un gruppo di piloti mercenari guidati da un asso chiamato Scarface One. Con il supporto hardware e logistico, lo Squadrone Scarface si mette in marcia per combattere le Usean Rebel Forces e liberare Usea. Con l'assistenza del team Scarface, le forze governative ingaggiano un combattimento a pieno titolo con l'URF, riconquistando lentamente vari territori nel continente. I mercenari colpiscono diverse parti di grande importanza delle infrastrutture delle forze ribelli, come basi aeree, raffinerie di petrolio e porti navali. Durante l'avanzata, affrontano numerosi assi ribelli, tra cui un gruppo di piloti asso noti solo come "Z.O.E.". Inoltre affrontano un certo numero di veicoli prototipo controllati dalla Usean Rebel Force, quali il sottomarino di classe Dragonet e il massiccio bombardiere sperimentale XB-10 "Big Bad Mama". Dopo aver riconquistato la maggior parte di Usea, Unified Command lancia una grande operazione di invasione per ottenere superiorità strategica. Per confondere i ribelli, la missione è divisa in due grandi operazioni, "Alphaville" e "Bellissima". Le operazioni terminano con la distruzione di molti obiettivi vitali URF, conferendo a Unified Command la supremazia nel conflitto. Alla fine, le forze governative spingono i resti del colpo di stato nuovamente al loro quartier generale presso la città di St. Ark. Pronti a porre fine al colpo di stato una volta per tutte, il team Scarface viene inviato per distruggere le forze ribelli sopravvissute all'interno della città, nonché il loro quartier generale centrale. La missione termina con successo, e St. Ark è liberata dall'URF. A questo punto, la storia si conclude con la Fine Normale.