Gli eventi di questo gioco si svolgono diversi anni dopo che Elk e Arc hanno affrontato il loro nemico finale in "Arc the Lad II". Controlli Alec, un adolescente il cui intero villaggio è stato distrutto da un male sconosciuto — un evento che in seguito fu chiamato "The Great Disaster". È stato salvato da un misterioso Hunter. Da allora, vivendo pacificamente in un villaggio al quale fu portato, che era come una nuova casa per i sopravvissuti della The Great Disaster, Alec sogna di incontrare di nuovo il Hunter e di diventare a sua volta un Hunter. Insieme al suo migliore amico Lutz prova la sua fortuna nelle città vicine, ricevendo piccoli lavori da Hunter, finché il destino non incrocia le strade dei due giovani con una misteriosa organizzazione chiamata the Academy. E lì la loro avventura inizia davvero.