La storia si evolve dal filmato di apertura quando un chocobo compagno viene trasformato in malvagio da un cristallo che trova in un giardino. Quando lo chocobo malvagio ti spinge in un dungeon, inizia l'avventura. Viaggia attraverso un dungeon in continuo mutamento, raccogliendo oggetti e armi per diventare sempre più potente, così da sconfiggere nemici sempre più difficili.