Earth è completamente spogliata delle risorse naturali entro il quinto millennio. Di conseguenza, Earth Empire invia navi dormienti esplorative verso pianeti distanti ritenuti ricchi di risorse naturali e per sfruttarle. La scoperta della tecnologia iperspaziale accelera l'espansione interstellare di Earth Empire. Man mano che le colonie diventano più prosperous, gli abitanti diventano scontenti poiché la maggior parte delle risorse estratte viene impiegata per avvantaggiare Earth. Una pacifica insurrezione nel 47° secolo porta al fatto che il leader di Earth Empire, il Tzar, guidi personalmente la distruzione di un pianeta ribelle. Sconvolte dalla carneficina, le altre colonie si uniscono come League of Free Worlds, con un uomo noto come il Father a guidare la lotta. La Colonial Navy dell'Impero invia una flotta per attaccare le forze della League nel sistema Gallonigher, ma la League esegue colpi di tipo hit-and-run mentre si ritirano verso il pianeta capitale principale, Bennay. Quando la Marina espone eccessivamente le sue forze nell'assalto a Bennay, la League le attira in una trappola all'interno di una cintura di asteroidi vicina, dove la flotta d'attacco della Marina viene distrutta. Il gioco inizia alcuni mesi dopo quella che ora è conosciuta come la Battaglia di Bennay, quando il personaggio giocante si arruola per il servizio di combattimento con la League mentre questa si mobilita completamente per la guerra. Se il giocatore ottiene successo a Gallonigher, la League proseguirà verso il sistema Draco. Se il giocatore viene sconfitto a Gallonigher, la League sopravvive, ma si ritira verso basi di rifornimento nel sistema Diomedes prima di lanciare un attacco su Alpha Centauri. È anche possibile essere inviati ad Alpha Centauri eseguendo una campagna Draco con esiti negativi.