Il giocatore controlla il tenente Jack Morton della NATO, l'unico sopravvissuto a un attentato terroristico al Blue Harvest, un treno blindato. È assistito da Christina Wayborn per tutto il gioco, guardia del corpo dell'ambasciatore francese e membro del consiglio della NATO. Viaggiando tra le varie carrozze del treno, il giocatore deve sconfiggere i terroristi, trovare l'ambasciatore francese e impedire ai terroristi di usare un'arma nucleare. I terroristi, sotto la guida di Boris Zugoski, fanno detonare alcune cariche di C4 in diverse parti del treno, uccidono tutti coloro che resistono e prendono in ostaggio la famiglia dell'ambasciatore francese. A un certo punto del gioco Boris viene ucciso da Jack e sembra che l'assistente dell'ambasciatore, Phillip Mason, sia in realtà un agente doppio inviato a rubare un disco dati dalla Blue Harvest. La fine dipende da quale disco dati il giocatore ha dato a Mason. Le buone finali consistono nel tentativo di Mason di fuggire in elicottero ma essere fermato da Jack, che disinnesca le bombe nucleari a bordo. L'ambasciatore viene salvato, così come Billy. Le cattive finali consistono nel fatto che Mason fugge e resta a piede libero. Poi Jack ferma le bombe nucleari, ma l'ambasciatore muore, così come Billy.