Dopo l'ultima battaglia contro Crash Bandicoot, Cortex viene gettato sull'isola di Crash e cade in una caverna piena di cristalli luminosi. Convinto che essi possiedano un potere tremendo, ne prende uno e torna al suo laboratorio. Un anno dopo, Cortex e il suo nuovo assistente Dr. N. Gin ricostruiscono un Cortex Vortex aggiornato nello spazio esterno che trasformerà tutti sulla Terra nei suoi schiavi senza mente. Ma hanno bisogno di altri 25 cristalli per raggiungere la capacità massima del Vortex, e non hanno più alcun agente rimasto sulla Terra. Cortex quindi escogita un piano per manipolare Crash affinché recuperi i cristalli per lui.