Sono passati 4 mesi dall'Inspector Conflict; l'Earth Sphere è di nuovo in pace. Ma l'aumento del numero di terroristi apparsi in tutto il mondo, causato dai Divine Crusaders, si intensifica e mette sotto pressione l'economia delle colonie, portando alcune colonie a ribellarsi di nuovo contro l'Earth Sphere. Il Brigander General Jamitov Hymem ha formato il gruppo Titans per rafforzare l'esercito contro i terroristi. Mentre Londo Bell ritorna da La Gaias dopo gli eventi di EX, Bright Noah decide di lasciare la sua posizione per un po' di tempo in cerca del Tenente Quarto Bajena, scomparso per motivi sconosciuti. Si è separato dal Getter Team sotto la guida di John Kowen per la sua ricerca e per svelare alcuni eventi che stanno accadendo nel mondo attuale. Le cose vanno peggio: Ondora Poseidal dichiara guerra al mondo della superficie e, ancora peggio, i Divine Crusaders vengono riattivati dal leader Neo Zeon Haman Khan con il nome Neue DC per prendere il controllo dell'Earth Sphere. Con l'acuirsi della guerra, un esercito sconosciuto proveniente da un'altra galassia chiamato the Guests è arrivato nell'Earth Sphere, guidato dal Comandante dell'United Solar System Army, Teniquette Zezenan. Si rivelano parte della Zovorg Alliance, ovvero l'alleanza da cui originarono gli Inspectors. Con nessuna opzione rimasta, Londo Bell deve dare inizio a Operation Final con il loro ultimo scontro contro i Zovorg per la sopravvivenza del loro pianeta.