Dexter, il ragazzo genio di Cartoon Network, sta tentando di salvare il suo laboratorio dal suo acerrimo rivale Mandark in Dexter's Laboratory: Mandark's Lab? Mandark ha infiltrato il laboratorio di Dexter e ha riprogrammato il suo computer, quindi i giocatori devono aiutare Dexter a riconquistarlo completando questo gioco di avventura che si svolge in quattro aree costituite dalla casa di Dexter e dal suo laboratorio. In ogni area ci sono due mini-giochi e quattro pezzi di progetto nascosti per una delle invenzioni di Dexter, che gli danno un vantaggio in ciascun mini-gioco. Entrambi Dee Dee's Dance Off, che richiede ai giocatori di premere i pulsanti a tempo con la musica, e Cootie Call, in cui Dexter elimina insetti cootie volanti, si svolgono nella camera da letto di Dee Dee. What's Buggin' Dexter, una corsa a piedi tra Dexter e un insetto che potrebbe potenzialmente infettare il suo computer, si svolge sulla scheda di circuito del suo computer, e Dexter's Dodgeball si svolge nel cortile della scuola, con Dexter che prende di mira i bulli della scuola usando palle da cortile.