Doctor Doom ha sviluppato un dispositivo che trasporta i Fantastici Quattro in varie località per affrontare vari mostri e supercriminali. Mr. Fantastic assembla una macchina del tempo che gli permette di trasportare la squadra nel piccolo regno di Doom per una battaglia finale. Mentre Galactus non compare nel gioco, è chiaro che è responsabile della distruzione del pianeta natale degli Skrull.