Ambientato nel lontano futuro, il popolo della Terra inizia la ricerca di nuovi pianeti da colonizzare, in particolare quelli simili alla Terra. Le navi coloniche, note come Caravans, viaggiano nello spazio profondo finché Caravan 7861 non scopre un quarto pianeta adatto intorno a una stella aliena, ma nessuna delle altre Caravans le aveva seguite. Dopo 93 anni di civiltà sul nuovo Mother Planet, l'indagine sulle Caravans scomparse porta finalmente a una scoperta orribile: i precedenti Caravans erano stati attaccati e conquistati da un potente regime di alieni-umani. Comandata dal misterioso Shienryu, la flotta spaziale aliena invade il Mother Planet e costruisce fortezze in tutto il mondo, distruggendo e sostituendo qualsiasi influenza umana consolidata. In risposta, nasce una squadra di difesa chiamata "Burn Dragoon" che riunisce i migliori piloti e navigatori per difendere il nuovo Mother Planet dal regime invasore.