Il Tokyo del futuro è una megalopoli costruita sopra un enorme sistema di tunnel sotterranei e fognature. Si diffonde la voce che in questo mondo sotterraneo si nascondano i seguaci di un misterioso culto, noto come Dark Messiah. Contemporaneamente una forma di vita simbiotica sfugge agli scienziati e si fa strada nel sistema fognario. Lì provoca l'incidente di un treno della metropolitana e inizia a divorare i passeggeri a bordo. Un eroe solitario e una studentessa di nome Naomi Sugiura sono gli unici sopravvissuti all'incidente e devono fuggire dalla creatura per sopravvivere.