Un'organizzazione nota come la D.A.S. (The Dark Anarchy Society) usa macchine magnetiche apocalittiche per sciogliere le calotte polari e desolare il mondo. Nonostante l'intero pianeta sia allagato, alcune società riescono a sopravvivere costruendosi sulle strutture più alte che riescono a trovare e a continuare a vivere. In questo scenario post-apocalittico, la D.A.S., che era pronta per questa catastrofe, regna sovrana sui sopravvissuti con la legge marziale e armi militari di potere straordinario. Allorché si viene a conoscenza di una nuova superarma della D.A.S. in sviluppo, «Yugusukyuure», i restanti sopravvissuti, terrorizzati dalla D.A.S., organizzano segretamente una forza ribelle usando un sottomarino di recente sviluppo noto come la Granvia. La missione della Granvia è tuffarsi nelle acque e nei territori controllati dalla D.A.S. e, infine, nella stessa sede della D.A.S. per distruggere ogni arma della D.A.S. presente sul campo.