Il gioco si svolge in un mondo chiamato Legaia, popolato da umani e oggetti chiamati Seru, che possono unirsi agli umani per concedere loro poteri fantastici. Mentre gli umani e i Seru convivevano pacificamente, circa dieci anni prima che il gioco iniziasse il mondo fu coperto da una nebbia che rese pazzi i Seru quando entrava in contatto con loro. I Seru si trasformarono in mostri che attaccavano gli umani, e la civiltà umana quasi collassò. Al momento in cui inizia il gioco, i sopravvissuti umani si sono uniti in regioni remote per nascondersi dalla nebbia. Il gioco segue Vahn, il tranquillo eroe principale; Noa, una bambina selvatica e vivace; e Gala, un monaco guerriero brusco, nel loro viaggio per risvegliare dieci Genesis Trees in Legaia nel tentativo di sconfiggere la malvagia Mist che copre il mondo. I tre eroi si uniscono a entità note come Ra-Seru, che concedono loro poteri simili a quelli dei Seru ma sono immuni agli effetti della Mist. Viaggiano attraverso tre continenti, risvegliando i Genesis Trees che respingono la Mist su piccole aree e distruggendo i Generatori di Mist che la producono; a volte entrano in conflitto con Songi, rivale d'infanzia di Gala, che si è unito a un Seru e sta progressivamente mutando in un mostro. Verso la fine della loro ricerca, nella città devastata di Conkram, gli eroi riescono a viaggiare nel tempo per rintracciare le origini della Mist e porre fine a essa una volta per sempre. Scoprono che la Mist fu creata come arma biologica dal Principe Cort, fratello di Noa e principe di Conkram. Non riescono a salvare Conkram né i genitori di Noa nel passato, ma quando tornano al presente distruggono l'ultimo Generatore di Mist e sconfiggono Cort. Nascosta agli eroi, però, prima di morire Cort riesce a unirsi a Juggernaut, un Seru che è cresciuto enormemente per l'esposizione alla Mist. Gli eroi tornano trionfanti nella città natale di Vahn, Rim Elm, ma vengono presto attaccati da Songi e dal gigantesco Seru Juggernaut, che devora l'intera città e i suoi cittadini. Dopo aver sconfitto Songi, gli eroi devono viaggiare all'interno di Juggernaut per affrontare e sconfiggere Cort di nuovo. Il gioco si conclude con la distruzione di Juggernaut, la rinascita di Cort in un bambino (di cui Noa si prende cura), e la restaurazione definitiva di Rim Elm e di tutti i suoi cittadini.