Madden NFL 2001 include diverse modalità personalizzabili. I giocatori hanno la possibilità di creare una giocata, creare un giocatore, gestire una franchigia e collezionare Madden Cards, che permettono ai giocatori di eseguire determinate azioni durante il gioco (ad esempio, aggiungere down di 5ª, o limitare la squadra controllata dalla CPU ai down di 3ª). Le carte possono anche modificare le valutazioni individuali dei giocatori, sbloccare stadi speciali e sbloccare le squadre Hall of Fame e All-Madden.