La trama è liberamente basata sull'arco X-Men: Onslaught della continuity dei fumetti Marvel: a seguito di un incidente in cui il telepate mutante Charles Xavier fu costretto a entrare nella mente di Magneto, una parte della rabbia di Magneto si è insinuata nella psiche di Xavier e, fondendosi con le emozioni più oscure di Xavier, ha generato una potente entità psichica nota come Onslaught. Il gioco espande la storia facendo sì che la coscienza di Xavier richiami eroi dall'universo Capcom per aiutarlo a fermarlo.