Mission Critical... Zero è scomparso... Ricerca e Soccorso! Sono passate tre settimane dal quasi scontro della Terra con la colonia spaziale Eurasia. Il disastro è stato evitato dall'eroismo di Zero. Ora, su un pianeta ferito e provato, emergono racconti di reploidi in preda a una furia distruttiva. Spetta a Mega Man X indagare su questi misteri, ma non sarà facile. Mega Man X deve combattere attraverso un labirinto di livelli e salvare i reploidi lungo la strada. Torna a combattere ancora e ancora con il nuovo Nightmare System, che randomizza le mappe dei livelli, i nemici e i finali in base a come giochi. Mega Man X è tornato e ora è personale!