Mortal Kombat Trilogy presenta lo stesso gameplay e la stessa storia di Mortal Kombat 3, ma aggiunge personaggi e scenari dagli altri tre giochi arcade, inclusi Ultimate Mortal Kombat 3. Sono stati introdotti anche alcuni personaggi completamente nuovi. Le novità del gioco includono la barra "Aggressor", una barra che si riempie nel corso della partita e temporaneamente rende il personaggio del giocatore più veloce e più forte. Include anche la Brutality, una lunga sequenza di attacchi che termina con l'esplosione dell'avversario.