Mano Kirishima, una quattordicenne (doppiata da Megumi Hayashibara), viene trasferita nella scuola di Shinji Ikari e quasi immediatamente inizia a creare un rapporto speciale con lui. Ciò suscita molta gelosia in Asuka, che sospetta anche che Kirishima sia una spia intenta a ottenere informazioni su NERV e gli Evangelion. Rei Ayanami è presente ma svolge un ruolo abbastanza marginale nella trama, anche se sembra concordare con i sospetti di Asuka. Gradualmente, si sviluppa una relazione tra Mana e Shinji e finiscono per uscire insieme in un appuntamento. Tuttavia, si scopre che Mana è una dei tre piloti di prova dei unità TRIDENT (nominata anche “Country Crawler”), un nuovo concorrente degli Evangelion, simile a Jet Alone; da qui il nome Girlfriend of Steel. Alla fine, il TRIDENT va in delirio e gli Evangelion devono distruggerlo. L’interattività nella maggior parte del gioco si limita a esplorare le aree fino a quando non si attiva il prossimo evento della trama. Tuttavia, il vero ramo narrativo si svolge alla fine del gioco, dove il giocatore può scegliere di concentrarsi su Mana, Asuka o Kaji. Questa scelta determina quale tra i tre finali del gioco viene mostrato, con un quarto finale esclusivo per la PS2. Nel finale di Mana, si scopre che Mana non è stata uccisa durante la battaglia. Shinji la salva e la riporta nel suo appartamento. Lei si fa la doccia, esce solamente con un asciugamano e, scherzosamente, chiede a Shinji se vorrebbe che lo levesse (cosa che alla fine fa). In discussione con Misato, tuttavia, si conviene che Mana debba lasciare Tokyo-3, e lei dice un addio commosso a Shinji, che ha conquistato il suo cuore. Nel finale di Asuka, Asuka aiuta Shinji a superare la perdita di Mana e i due bambini si avvicinano di più. Questo finale contiene immagini romantiche di Asuka e Shinji insieme, tra cui una scena toccante in cui Asuka abbraccia Shinji emotivamente. Il terzo finale con Kaji non si concentra tanto su un singolo personaggio come gli altri. Si scopre anche che Mana non è stata uccisa, e si saluta con un “Ti aspetterò”, con Shinji che risponde.