La "seconda grande guerra mondiale Parodius" che ha fatto ridere il mondo è finita più di 50 anni fa. Tre organizzazioni militari: "The Alliance Penta", "Organization Koitsu and Aitsu" e "Alliance Araji" si controllano a vicenda in segreto, e la pace viene mantenuta grazie a questo raffinato equilibrio. Tuttavia questa stabilità inizia a cambiare quando un misterioso gatto di nome John Myan Jiro inizia a interferire in queste relazioni. Vinci la "terza grande guerra mondiale Parodius" per la pace e l'onore del tuo paese!