Professor Casper Clockwise è nel suo laboratorio a fare gli ultimi ritocchi al suo dispositivo per viaggiare nel tempo, quando all'improvviso qualcuno gli si avvicina alle spalle. Nel frattempo, suo figlio Callum "Rascal" Clockwise sta percorrendo un percorso segreto sotto casa per raggiungere il laboratorio di suo padre quando all'improvviso le luci si spengono e parte un allarme. Rascal corre giù per vedere qual è il problema, ma per il suo orrore due alieni in astronavi appaiono e lo inseguono lungo il corridoio. Rascal arriva finalmente al laboratorio di suo padre passando per l'ingresso della porta blindata. È scioccato nel trovare Chronon, il malvagio maestro del tempo, che sta torturando suo padre per motivi sconosciuti, e lo tiene in ostaggio con un'altra delle invenzioni di suo padre chiamata la "Bubble Gun", ma Chronon per sbaglio aziona i controlli della macchina del tempo e lui e il Professore vengono risucchiati nel portale temporale. La Bubble Gun riesce a liberarsi dal portale e atterra ai piedi di Rascal, che la raccoglie, giurando di salvare suo padre. Rascal li insegue nel tempo, dallo medievale Castello Hackalott al Tempio Azteco di Chichimeca, all'antica città di Atlantide, alla nave pirata Jolly Raider e Dodgy City nell'Ovest, viaggiando tra il passato e il presente di ogni luogo e raccogliendo i pezzi di un Time Clock, prima di affrontare Chronon nel futuro di ciascuna area. Successivamente Rascal si dirige verso i Corridoi del Tempo, la tana di Chronon all'interno del continuum spazio-temporale, dove, dopo aver sconfitto i guardiani portati da ciascun altro periodo temporale, riesce a sconfiggere Chronon e a salvare suo padre. Dopo essere fuggiti usando un altro portale del tempo, Rascal e suo padre tornano sani e salvi a casa, lasciando che il portale si frantumi e intrappolando Chronon nel tempo interdimensionale per sempre.