Come nel Salamander originale, e contrariamente alle versioni Life Force, Salamander 2 abbandona il sistema di power-up basato sulla barra di selezione, a favore di un sistema semplificato che si concentra sull'aumentare la potenza delle armi in base a icone specifiche. Per esempio, il giocatore non può aumentare la velocità della sua nave finché non viene raccolta un'icona di velocità; icone di velocità aggiuntive aumentano ulteriormente la velocità della nave. Diversi sistemi d'arma, quando ulteriormente potenziati, si trasformano in una arma 'super' per circa dieci secondi. Se il giocatore possiede il ripple laser, e successivamente ottiene un'altra icona per esso, il giocatore riceverà per un breve periodo di tempo il ripple Buster ad alta potenza. Le opzioni sono state leggermente modificate con l'arrivo dei 'option seeds', che sono piccole opzioni che orbitano attorno alla nave sparando solo lo sparo iniziale di base. Due option seeds possono combinarsi in una singola opzione completa. Inoltre, le opzioni possono anche essere sacrificate per utilizzare un'arma a fascio guidato a breve termine. Diversi boss nemici tipici dei giochi Gradius ritornano, tra cui il Brain Golem (boss del primo livello) e il Tetran (boss del secondo livello). Ci sono in totale sei livelli. Poiché il gioco è simile al suo prequel, Salamander 2 non utilizza la funzione Revival Start di Gradius (che riporta il giocatore a un checkpoint predefinito se perde una vita); molti ritengono che questo titolo sia più facile rispetto ad altri titoli della serie Gradius a causa di questa caratteristica. Una volta completato il gioco, inizia un secondo ciclo a una difficoltà molto più alta. Anche la musica viene modificata in versioni remix della musica di Salamander in alcuni livelli. La nave del primo giocatore si chiama Vic Viper, mentre la nave del secondo giocatore è Super Cobra.