Il gioco inizia con Jutah Fate, un criminale di guerra, che viene reclutato in un'operazione militare segreta dal suo pianeta natale, Hornet. Sette anni prima gli era stato ordinato di distruggere una roccaforte nemica, solo per scoprire che all'interno c'erano civili. A causa del trauma di dover seguire i suoi ordini, è pressoché privo di emozioni. La missione è distruggere una nave da guerra spaziale, nota come il Dante, che minaccia il pianeta. Anche parte della missione sono Benoit Manderubrot, un criminale politico; Micino Tifone, una spia; e John Loss, un maestro dell'evasione e membro di una tribù oppressa. L'operazione è guidata dal CO Annri Ohara. All'arrivo al Dante, la loro nave viene abbattuta dalle armi antiaeree di Dante. Tutti atterrano sull'incrociatore indenne, ma Jutah viene separato dal gruppo. Man mano che il gioco progredisce e Jutah viene incaricato di distruggere diverse parti del Dante, Jutah e Annri iniziano a provare sentimenti l'uno per l'altro. Infine, Jutah raggiunge il ponte del Dante, ma scopre che l'equipaggio è stato ucciso dalle difese stesse. Un ologramma di Benoit appare e rivela che è stato lui a uccidere l'equipaggio e che aveva preso il controllo della nave e che aveva ancora in programma di distruggere Hornet. Dopo che Jutah rifiuta di unirsi a Benoit, Benoit cerca di uccidere Jutah espellendolo nello spazio. Viene salvato dall'equipaggio mentre Benoit sigilla Dante. Jutah rientra nella nave e distrugge il potente cannone del Dante in tempo per salvare Hornet. Con il cannone sparito, Jutah trova Benoit nel nucleo della nave e scopre che Benoit si è legato all'IA del Dante. Dopo la battaglia finale, Benoit attiva il sistema di autodistruzione del Dante. Jutah cerca di tornare sulla sua nave, ma il suo percorso è bloccato, costringendo gli altri a partire senza di lui. Il gioco si conclude con Jutah che visita Annri a casa sua tre anni dopo.