Johnson, un operaio di una ditta commerciale futuristica, fu svegliato una domenica mattina dalla sua governante robotica, Ben. Ben suggerì a Johnson di andare alla Trip Movie Corporation (T.M. Company), una società che permette ai suoi ospiti di vivere un sogno come se fosse reale. Johnson chiese di essere il re di Harlem, circondato da belle donne e al comando di una battlestar. Nel suo sogno, Johnson nei panni di "Cobra" esplorò lo spazio insieme al suo partner Lady Armaroid. Cobra brandiva il "Psychogun" e respingeva mostri provenienti da altri pianeti e, soprattutto, la Pirate Guild, guidata dal Captain Vaiken, che aveva liberato. Vaiken distribuì la foto di Cobra a tutti gli altri pirati, rendendolo un uomo ricercato. Quando il sogno finì, una donna chiese a Johnson com'era stato il sogno; Johnson rispose, e la donna lo corresse affermando che in realtà avrebbe dovuto riguardare lui come il re di Harlem. Sul cammino di ritorno a casa, si scontrò con un uomo che guidava ad alta velocità. Riconobbe l’uomo, che gli sembrava identico a Captain Vaiken. Johnson cominciò a spiegare quanto assomigliasse a Vaiken proprio davanti a lui, inducendo così Vaiken a pensare che sapesse qualcosa su Cobra. Johnson alzò inconsciamente il braccio destro, come se avesse una pistola. Johnson sparò un raggio dalla mano, uccidendo Vaiken. Il colpo esplose il suo braccio, rivelando il Psycho-gun. Johnson tornò di corsa a casa, dove Ben notò il suo braccio e Johnson capì di non ricordare nulla degli ultimi tre anni che aveva vissuto nella sua casa. Johnson guardò in uno specchio, a una manopola girata per rivelare una stanza segreta dietro di esso, e guardò dentro per vedere la rivoltella che aveva usato nel sogno. Lady Armaroid uscì dall’ombra dentro Ben. Johnson cominciò a ricordare di più e, in quel momento, molti membri furono reclutati dalla Pirate Guild per entrare ed uccidere Johnson. Johnson uccise le persone reclutate e cominciò a ricordare che è Cobra e che era ricercato dalla Pirate Guild e che era stanco di combatterli. Per sfuggire a loro, Cobra si sottopose a un intervento chirurgico per alterare il volto e fece cancellare i suoi ricordi. Lady Armaroid disse a Cobra che Trip Movie aveva scatenato il suo subconscio e aveva invece riportato vecchi ricordi. Ancora una volta, Lady Armaroid e Cobra partirono per tutte le avventure che li attendono. Più tardi, Cobra incontra Jane Royal, una delle Royal sorelle, in un bar. Jane Royal si allea con Cobra e Lady per trovare le altre due sorelle Royal, i cui tatuaggi, vere mappe, conducono al tesoro più grande di tutto l’universo. Space Adventure Cobra - Galaxy Nights è un gioco a fumetti interattivo in cui il giocatore può scegliere quale capitolo visualizzare e c'è anche una funzione di autoplay.