Johnson, un impiegato di una futuristica azienda commerciale, si è svegliato di domenica mattina dalla sua governante robotica, Ben. Ben suggerì che Johnson andasse alla Trip Movie Corporation (T.M. Company), un'azienda che permette ai suoi ospiti di vivere un sogno come se fosse reale. Johnson chiese di essere il re di Harlem, circondato da belle donne e al comando di una battlestar. Nel suo sogno, Johnson nei panni di "Cobra" esplorò lo spazio insieme al suo partner Lady Armaroid. Cobra brandiva il "Psychogun" e combatteva contro mostri provenienti da altri pianeti e soprattutto contro Pirate Guild, guidata dal Captain Vaiken al quale aveva liberato. Vaiken diffuse l'immagine di Cobra a tutti gli altri pirati rendendolo un uomo ricercato. Quando il sogno finì, una donna chiese a Johnson com'era stato il sogno; Johnson rispose, e la donna lo corresse dicendo che in realtà avrebbe dovuto riguardare lui come re di Harlem. Sulla strada per tornare a casa, si scontrò con un uomo che sfrecciava in auto. Riconobbe l'uomo, che sembrava identico al Captain Vaiken. Johnson iniziò a spiegare quanto somigliasse a Vaiken proprio davanti a lui, convincendo così Vaiken che sapesse qualcosa su Cobra. Johnson alzò inconsciamente il braccio destro come se avesse una pistola. Johnson sparò un raggio dalla mano, uccidendo Vaiken. Il colpo esplose il suo braccio, rivelando il Psycho-gun. Johnson tornò di fretta a casa, dove Ben notò il suo braccio e Johnson si rese conto che non ricordava nulla degli ultimi tre anni in cui aveva vissuto nella sua casa. Johnson si guardò in uno specchio, che girò una manopola per rivelare una stanza segreta dietro di esso, e vi guardò dentro per vedere la sua rivoltella che aveva usato nel sogno. Lady Armaroid emerse dall'interno di Ben. Johnson iniziò a ricordare di più, e in quel momento molte persone furono reclutate dalla Pirate Guild per entrare e uccidere Johnson. Johnson uccise le persone reclutate e cominciò a ricordare che lui è Cobra e che era ricercato dalla Pirate Guild e si era stancato di combatterli. Per sfuggire loro, Cobra si sottopose a un intervento chirurgico per alterare il volto e fece cancellare i suoi ricordi. Lady Armaroid disse a Cobra che Trip Movie aveva attivato il suo subconscio e, invece, aveva riportato vecchi ricordi. Di nuovo, Lady Armaroid e Cobra partirono per tutte le avventure che li attendono. Cobra incontrò in seguito Jane Royal, una delle sorelle Royal, in un bar. Jane Royal si allea con Cobra e Lady per trovare le altre due sorelle Royal, i cui tatuaggi fungono da mappe che conducono al tesoro più grande dell'intero universo. Space Adventure Cobra - The Psychogun è un gioco a fumetti interattivo in cui il giocatore può selezionare quale capitolo visualizzare e c'è anche una funzione di riproduzione automatica.