Johnson, un lavoratore per una ditta di commercio futuristica, fu svegliato una domenica mattina dalla sua governante robotica, Ben. Ben suggerì che Johnson andasse alla Trip Movie Corporation (T.M. Company), un'azienda che permette ai suoi ospiti di vivere un sogno come se fosse reale. Johnson chiese di essere il re di Harlem, circondato da belle donne e al comando di una Battlestar. Nel suo sogno, Johnson, chiamato "Cobra", esplorava lo spazio con la sua compagna Lady Armaroid. Cobra brandiva la "Psychogun" e combatteva contro mostri provenienti da altri pianeti e soprattutto contro la Gilda dei Pirati, il cui leader era il Capitano Vaiken, al quale lui aveva dato libertà. Vaiken diffuse la foto di Cobra a tutti gli altri pirati, rendendolo un uomo ricercato. Quando il sogno finì, una donna chiese a Johnson com'era il sogno; Johnson rispose, e la donna corregse dicendo che in realtà avrebbe dovuto riguardare lui come re di Harlem.
Sulla strada per tornare a casa, Johnson si scontrò con un uomo che sfrecciava in auto. Riconobbe l'uomo, che sembrava identico al Capitano Vaiken. Johnson iniziò a spiegare quanto somigliasse a Vaiken proprio davanti a lui, facendolo credere a Vaiken di sapere qualcosa su Cobra. Johnson sollevò inconsciamente il braccio destro come se avesse una pistola. Johnson sparò un raggio dalla mano, uccidendo Vaiken. Il colpo esplose il braccio, rivelando il Psycho-gun. Johnson si precipitò a casa, dove Ben notò il suo braccio e Johnson realizzò di non ricordare nulla degli ultimi tre anni che aveva trascorso nella sua casa. Johnson si guardò in uno specchio, al quale ruotò una manopola per rivelare una stanza segreta dietro di esso, dentro la quale vide la sua rivoltella che usò nel suo sogno. Lady Armaroid uscì dall'interno di Ben. Johnson iniziò a ricordare di più, e in quel momento molte persone furono reclutate dalla Gilda dei Pirati per entrare e uccidere Johnson. Johnson uccise le persone reclutate e iniziò a ricordare che lui è Cobra e che era ricercato dalla Gilda dei Pirati e che era stanco di combatterli. Per sfuggire loro, Cobra si sottopose a un intervento chirurgico per alterare il volto e fece cancellare i suoi ricordi. Lady Armaroid disse a Cobra che Trip Movie aveva attivato il suo subconscio e, al contrario, aveva riportato alla memoria vecchi ricordi. Ancora una volta, Lady Armaroid e Cobra partirono per tutte le avventure che li attendono.
Cobra incontrò poi Jane Royal, una delle sorelle Royal, in un bar. Jane Royal si allea con Cobra e Lady per trovare le altre due sorelle Royal, le cui mappe tatuate conducono al tesoro più grande dell'intero universo.
Space Adventure Cobra - The Psychogun è un fumetto interattivo in cui il giocatore può scegliere quale capitolo visualizzare e c'è anche una funzione di riproduzione automatica.
