Nell'anno 20XX, all'improvviso apparvero antiche rovine nella Foresta Amazzonica, in America del Sud. Le Nazioni Unite chiamarono scienziati da tutto il mondo per scoprire tutto ciò che fosse possibile sulle rovine. Gli scienziati scoprirono che intorno alle rovine vi era un forte campo elettromagnetico in grado di fermare quasi tutti i macchinari che si avvicinavano, inclusi i robot. Niente elettronico poteva raggiungerlo, rendendo l'indagine molto difficile. Un anno dopo, l'ONU cessò l'indagine, sostenendo che le rovine provenissero dalla civiltà Maya. Hanno chiamato le rovine 'Lanfront Ruins' e la piramide 'Temple of the Moon'. Tre anni dopo, il Dottor Albert W. Wily, ora al lavoro insieme al Dottor Thomas Light, andò a investigare sulle rovine perché il campo elettromagnetico iniziò ad aumentare, offrendogli una buona opportunità per riabilitare il suo nome. Poche giorni dopo, Wily scoprì all'interno del tempio un antico supercomputer alieno chiamato Ra Moon, che riattivò i suoi vari Robot Masters provenienti da Mega Man 2 e Mega Man 3 analizzando le informazioni su di loro nel portatile del Dottor Wily. Wily pensò che sarebbe stata una grande opportunità per conquistare il mondo. Tre settimane dopo che Wily aveva trovato Ra Moon, il campo elettromagnetico iniziò a influenzare tutti i macchinari e l'elettronica in tutto il mondo. Roll cade in coma, vittima del campo elettromagnetico, e Wily manda una trasmissione mondiale chiedendo al mondo di arrendersi a lui entro due settimane, altrimenti spegnerà tutti i macchinari, cosa che ucciderebbe di fatto Roll e tutti i robot in giro per il mondo, e senza di essi, anche gli esseri umani morirebbero. Il Dottor Light immunizza rapidamente Mega Man e i suoi fratelli (i Robot Masters di Mega Man 1: Cut Man, Elec Man, Ice Man, Fire Man, Bomb Man e Guts Man) dal campo elettromagnetico, e li invia a fermare il Dottor Wily prima che sia troppo tardi. Durante l'avventura, Mega Man e i suoi compagni si fecero strada verso la fonte del campo elettromagnetico, Ra Moon, affrontando nel processo i Robot Masters di Mega Man 2 e 3. Alla fine, Mega Man riesce a distruggere Ra Moon e il campo elettromagnetico cessa, Roll si riprende e tutti i macchinari in tutto il mondo tornarono a funzionare.