Il gioco è pensato come un prequel al gioco Tenchu: Stealth Assassins e ritrae gli eroi della serie Rikimaru e Ayame da adolescenti, mentre sono istruiti dal loro anziano maestro chiamato Shiunsai, nonché da un altro ninja Azuma di nome Tatsumaru. Il gioco rivela come Rikumaru abbia ottenuto la famosa cicatrice sull'occhio destro (non raffigurata sulla copertina del gioco). Gli Azuma Ninja hanno servito la Casa di Gohda per innumerevoli generazioni. Ora tre giovani ninja, Rikimaru, Ayame e Tatsumaru, devono proteggere il Signore Gohda Matsunoshin da un tentativo di colpo di stato e da un misterioso gruppo di ninja che si fa chiamare Burning Dawn. Dopo che i tre ninja sono stati accettati nel clan Azuma, vengono convocati al castello di Gohda, che è sotto attacco dallo zio di Lord Gohda, Motohide. Dopo una cruenta battaglia, che comprende la morte di Lady Kei, moglie di Lord Gohda, e il rapimento della Principessa Kiku, figlia di Lord Gohda, Rikimaru impedisce a Motohide di uccidere Lord Gohda, ma non riesce a fermare la fuga di Motohide. Si scopre che Motohide lavorava per un signore rivale, Lord Toda. Toda uccide Motohide, solo per essere ucciso a sua volta e decapitato da Lady Kagami, la leader dei ninja di Lord Toda. Lei guida un gruppo ribelle di ninja che si fanno chiamare Burning Dawn, composto da Suzaku, Genbu, Seiryu e Byakko, i quattro Lords del Burning Dawn, e guidato da Lady Kagami. Per di più, il recentemente nominato leader degli Azuma Ninja, Tatsumaru, è scomparso. Più tardi si scopre che Tatsumaru ha perso la memoria ed è ora parte del Burning Dawn. Rikimaru e Ayame ora devono salvare il Signore Gohda e fermare una rivolta ninja destinata a spingere il paese di nuovo nella guerra civile. Le origini del Burning Dawn risalgono a quando lo zio di Lord Gohda, Motohide, si alleò con un signore della guerra chiamato Toda Yoshisada per prendere il controllo del suo regno. Toda lanciò un attacco contro il castello di Gohda che provocò la morte della moglie di Lord Gohda, Lady Kei, e il rapimento di sua figlia, la Principessa Kiku. Motohide fu poi tradito e ucciso da Toda, per essere a sua volta tradito e ucciso dal suo principale assassino Lady Kagami: la fondatrice del Burning Dawn. In un periodo non meglio precisato che seguì la morte di Lord Toda, il Burning Dawn partecipò a una serie di attività criminali sotterranee quali rapimenti, furti, lavoro forzato, contrabbando e omicidi. Questo a sua volta attirò l'attenzione di Lord Gohda e degli Azuma Ninja, che tentarono di porre fine alle attività illegali dell'organizzazione. La fine arriva infine quando la gerarchia del Burning Dawn e la sua nave ammiraglia, 'Fire Demon', vengono distrutte dallo sforzo congiunto di Rikimaru e Ayame, nonché dalle forze navali dell'esercito di Gohda.