Il gioco si svolge in una versione alternativa della seconda stagione del cartone, in gran parte identica a parte l'aggiunta di alcuni personaggi che hanno acquisito forme Transmetal. A differenza dei finali specifici per personaggio del gioco Nintendo 64, il gioco per PlayStation presenta due trame separate, una per ciascuna fazione, che in genere lasciano le cose grosso modo com'era all'inizio una volta che tutto è stato detto e fatto. Storia dei Maximals I Maximals sono scossi mentre l'Axalon viene bersagliato dal fuoco dei Predacon. Mentre i loro scudi cedono, Cheetor non vede l'ora di abbattere gli attaccanti, sebbene Rattrap faccia notare che farlo da solo lo porterebbe solo a finire demolito. Optimus Primal, tuttavia, intravede un'opportunità e formula un piano: lui e una squadra di Maximals sconfiggeranno gli attaccanti, li inseguiranno fino alla loro base e sfrutteranno il loro stato di indebolimento per reclamare il Disco d'Oro. Cheetor, Silverbolt e un Rattrap riluttante si uniscono alla squadra di Primal, mentre Rhinox resta indietro per fornire supporto e proteggere la nave. Primal e la sua squadra respingono poi i quattro Predacon attaccanti, rincorrendoli fino alla loro nave. Sconfiggendo Megatron sul ponte della Darkside, Primal declama la nobiltà delle loro motivazioni eroiche mentre Rattrap sfoggia il Disco d'Oro ora in loro possesso. Con gli altri Predacon messi fuori uso e il computer Predacon disabilitato, la battaglia sembra vinta, ma Megatron ride e rivela che i Predacon rimasti hanno infiltrato con successo l'Axalon durante l'assenza dei Maximals. Mentre Megatron se ne va, Optimus ordina agli altri di tornare in fretta alla base. Storia dei Predacon Mentre Megatron saluta "un altro glorioso giorno Predacon", conferma il suo ultimo piano con Tarantulas: attirare i Maximals sulla Darkside, colpirli spietatamente finché non sono costretti a ritirarsi, poi seguirli fino alla loro base per finirli. Il resto dei Predacon è in gran parte d'accordo, ma Rampage resta scettico finché non viene forzatamente convinto da Megatron. Quando un gruppo di Maximals abbocca e arriva sulla Darkside, Blackarachnia e Waspinator partono per attirare gli altri fuori dall'Axalon. Megatron poi guida una squadra composta da Rampage, Tarantulas, Quickstrike e sé stesso, respingendo la squadra di Optimus Primal per tutto il pianeta, fino a riportarsi sulla loro nave. Dopo aver abbattuto Primal sul ponte dell'Axalon, Megatron e la sua squadra se la ridono, beffeggiando le affermazioni di Primal secondo cui non ha ancora finito. Prima che possano finirlo, Rhinox compare e attiva i mitragliatori automatici di Sentinel, cogliendo i Predacon di sorpresa. Con il vantaggio perduto, Megatron giura vendetta mentre Rampage apre un buco nel muro e fuggono. Personaggi