Vagrant Story è ambientato nella fittizia città di Leá Monde, mentre il regno di Valendia è coinvolto in una guerra civile. Leá Monde è una città antica con una storia che si estende per oltre due millenni. Situata su un'isola circondata da barriere coralline, le mura sono state le «testimoni di molte battaglie» e sono «più forti dei forti più potenti di Valendia». Nei suoi anni d'oro, Leá Monde era una comunità fiorente finché un terremoto non colpì la città 25 anni prima del gioco, distruggendo la città e lasciando il terreno instabile. La Grande Cattedrale e il Tempio di Kiltia si trovano al centro della città. Questa zona è circondata dai quartieri occidentali e orientali, entrambi in condizioni piuttosto buone, nonché dalle massicce Mura della Città, simili a una fortezza. Sotto terra si trovano un pozzo minerario abbandonato e una cava di calcare, i labirinti ombrosi di un'Undercity, e il cupo dungeon Iron Maiden. La Snowfly Forest, simile a un labirinto, chiamata per le cosiddette snowflies che si trovano al suo interno, copre una parte della città. Altre località includono i Graylands, scenario dell'evento del prologo; e Valnain, la città dove si trova la sede dei Valendia Knights of Peace. Mentre Valendia e Leá Monde sono fittizie, gli scenari del gioco sono ispirati a paesaggi reali del sud-ovest della Francia, tra cui la città di Saint-Émilion.