Warhammer: Shadow of the Horned Rat offre oltre 25 tipi di truppe, 20 incantesimi e nove caratteristiche per ogni reggimento: movimento, abilità con le armi, abilità balistica, forza, robustezza, ferite, iniziativa, attacco e capacità di leadership. Per salvare i progressi della campagna, i giocatori devono avere una scheda di memoria con almeno un blocco libero. Le battaglie consistono di due fasi: schieramento e combattimento in tempo reale. Lo schieramento ti permette di posizionare i tuoi reggimenti all'interno di un'area designata da bandiere bianche. Questo comporta ruotare i tuoi reggimenti per fronteggiare determinati nemici, impartire ordini di attaccare, muoversi (inclusa l'impostazione di waypoint e cicli di pattuglia) o semplicemente mantenere la posizione. Il combattimento prevede caricare contro il nemico, utilizzare incantesimi magici (se disponibili) o scagliare armi a distanza, come archi o catapulte. Naturalmente, la linea di vista e il terreno influenzeranno l'efficacia dei vostri attacchi, e il livello di emozione (paura, odio o frenesia) nonché l'esperienza delle vostre truppe giocheranno un ruolo significativo. Ogni campo di battaglia può anche contenere vari oggetti magici che potrebbero essere utili nelle future battaglie.