Il gioco inizia nell'antico Egitto, con il Principe Atem che esce di nascosto dal palazzo per andare a trovare i suoi amici, Jono e Teana, ai campi di duello. Lì assistono a una cerimonia eseguita dai maghi, che è più oscura di quelle che di solito celebrano. Dopo la cerimonia, Atem duella contro uno dei sacerdoti, chiamato Seto, e lo sconfigge. Quando Atem torna al palazzo, viene rapidamente messo a letto da Simon Muran, il suo tutore e consigliere. Mentre Simon si allontana, una guardia lo informa che l'alto sacerdote Heishin ha invaso il palazzo, usando una strana magia. Muran cerca Heishin. Quando lo trova, Heishin dice a Muran di aver trovato il Potere Oscuro, poi usa il Bastone Millenario per scagliare Muran. Quando Heishin trova Atem, lo minaccia di uccidere il re e la regina d'Egitto se non consegna il Puzzle Millenario. Muran appare alle sue spalle e dice ad Atem di spezzare il puzzle. Atem obbedisce, e Muran si sigilla dentro il puzzle insieme ad Atem, per aspettare che qualcuno lo riunisca. Cinquemila anni dopo, Yugi Mutou riunisce il puzzle. Parla con Atem dentro il puzzle, e Atem dà a Yugi sei carte vuote. Non è chiaro a cosa servano, le porta al torneo di duelli. Dopo aver sconfitto uno dei duellanti, una delle carte si riempie con un oggetto Millenario. Rendendosi conto a cosa servano le carte, Yugi completa il torneo e riempie tutte e sei le carte con oggetti Millenari. Questo permette ad Atem di tornare al suo tempo. Una volta nel proprio tempo, Muran racconta ad Atem cosa è successo da quando fu sigillato. Heishin e i maghi hanno preso il controllo del regno con gli oggetti Millenari, e che l'unico modo per liberare il regno è recuperare gli oggetti dai maghi che li custodiscono. Dopo aver riferito tutto ciò, Muran muore. Dopo essersi riunito con Jono e Teana, va al palazzo distrutto e lo perlustra. Trova Seto, che gli dà una mappa con le posizioni dei maghi e degli oggetti Millenari, e gli chiede di sconfiggere i maghi. Dopo che Atem recupera tutti gli oggetti Millenari tranne uno, Seto lo conduce da Heishin, che tiene il Bastone Millenario. Atem sconfigge Heishin, ma scopre che Seto ha il Bastone Millenario, e che voleva solo usare Atem per riunire gli oggetti in un unico posto. Atem duella contro Seto per gli oggetti e lo sconfigge, ma dopo il duello, Heishin prende gli oggetti e li usa per evocare DarkNite. Sperando di usare DarkNite per distruggere i suoi nemici, non ha l'oggetto per provare la sua autorità e, di conseguenza, DarkNite trasforma Heishin in una carta. Heishin ora trasformato in una carta da gioco, DarkNite se la prende con Heishin prima di incenerire la carta. Dopo che Atem mostra di possedere gli Oggetti Millenari, DarkNite lo sfida a un duello. Atem lo sconfigge, e lui si trasforma in Nitemare, che lo sfida di nuovo. Atem lo sconfigge di nuovo, e Nitemare fa ritorno, riluttante, da dove era venuto. Atem allora riesce a prendere il trono e a guidare il suo popolo in pace.