Il gioco presenta tre versioni diverse dell'originale Zanac per NES e il nuovo gioco Zanac Neo. I giocatori pilotano un caccia stellare solitario, soprannominato l'AFX-6502 Zanac, attraverso dodici livelli; il loro obiettivo è distruggere System, un'entità in parte organica, in parte meccanica, determinata a distruggere l'Umanità. Zanac si differenzia dagli altri sparatutto verticali per la sua capacità di adattarsi ai tuoi punti di forza e di regolare il gioco per attaccare i tuoi punti deboli. La tua prestazione durante il gioco e la tua scelta di sott'arma determineranno in parte cosa e quanto Zanac ti manderà contro. ZANAC STORIA: La tecnologia per i viaggi più veloci della luce è stata sviluppata dall'umanità in poco tempo. Una delle forze espedizionarie inviate per esplorare le stelle vicine alla nostra galassia riteneva di aver trovato un relitto di una cultura extraterrestre intelligente, e con questo fu scoperto l'Icon (Statua Sacra). L'Icon sembrava destinato a mettere alla prova le persone che lo contattavano. Se quelle persone cercavano la procedura corretta, sarebbero state in grado di aprirlo in modo non distruttivo e avrebbero ricevuto conoscenze utili in cambio. Tuttavia, se invece fossero stati impazienti e avessero usato la forza per aprirlo, lo avrebbe ricompensato con distruzione. La forza espedizionaria, ciascuno dei quali sospettava che dentro ci fosse qualcosa, era impaziente di fare la scoperta e puntò le armi di bordo della propria navetta sull'Icon. Dalle rovine dell'Icon distrutto emerse un messaggio che scatenò l'accensione di una enorme battaglia, 'System', in attesa nello spazio. Tuttavia, sembrava che esistesse un'altra possibilità di rimediare al fallimento del test dell'umanità affidato all'Icon. Un'altra squadra espedizionaria, all'oscuro del pericolo per la Terra, incontrò un'altra Icon separata da quella distrutta e riuscì ad aprirla correttamente. L'Icon trasmise questo successo a System, chiedendogli di fermare il suo attacco. Ma System, avendo atteso per un tempo estremamente lungo che i suoi progettisti non avrebbero potuto prevedere, era degenerato al punto da non fermarsi più finché il suo obiettivo non fosse stato annientato e quindi era diventato un semplice strumento di distruzione di massa. Per questo motivo, l'ordine di fermarsi fu ignorato e l'attacco alla Terra ebbe inizio. Nonostante la schiacciante differenza di potenza d'attacco, l'umanità uscì per incontrare le macchine che si avvicinavano. Fortunatamente, uno degli Icon era ancora operativo normalmente, e dalle informazioni ottenute da esso fu formulata una proposta per salvare la Terra. System era una macchina tattica, progettata per combattere contro innumerevoli nemici. C'era poca speranza che un attacco su larga scala avesse successo, ma se si fosse usato un attacco di dimensioni molto ridotte ma con una potenza di fuoco estremamente elevata, un impulso nascosto, per così dire, System non sarebbe stato in grado di farvi fronte con successo. Poi, colpendo al cuore, System sarebbe stato sconfitto. Così fu costruita la macchina da battaglia AFX (comunemente nota come ZANAC), la carta segreta contro System, e partì per la battaglia per salvare l'umanità. ZANAC NEO STORIA: L'umanità è riuscita appena a respingere l'attacco del System, determinato a distruggere la Terra. Tuttavia, la battaglia non è ancora finita. System aveva sfruttato la sua lunga esistenza per moltiplicarsi, e anche se un System fu distrutto, non passò molto tempo prima che un altro System prendesse l'attacco. Quella battaglia continua è già in corso da 30 anni. Anche se l'umanità è riuscita a tenere a bada l'attacco di System, la gente è stanca ed esausta.