RayCrisis, essendo un prequel di RayForce, descrive gli eventi nel periodo in cui il Neuro-Computer Con-Human acquisisce coscienza e si ribella ai suoi creatori umani, diretta conseguenza di uno scienziato fuorviato che ha tentato di legare mentalmente un clone umano a Con-Human. Ora, contro le massive forze d'attacco di Con-Human che assediano la Terra, sterminano e clonano gli umani, un mecha-neurologo si collega al sistema Con-Human nel tentativo di riacquisire il controllo della macchina ribelle mediante i virus informatici noti come i Waveriders nel Cybernetics Link, dando inizio all'Operation Raycrisis per cessare definitvamente le azioni distruttive del supercomputer e impedire che causino ulteriori danni in futuro. Tuttavia, anche quando Operation Raycrisis lascia Con-Human devastata dall'interno, era troppo tardi per invertire i danni che aveva causato. Inoltre, ciò che resta della razza umana è fuggito verso le colonie spaziali come rifugio dalla distruzione. Alla fine, anni dopo, con lo svelamento dell'X-LAY starfighter e delle navi della flotta, Terran Command e i restanti umani lanciano un'ultima offensiva contro Con-Human, che ha trasformato la Terra in un cupo cimitero di metallo. Un'ultima offensiva, che porrà fine all'incubo cibernetico una volta per tutte, distruggendo nel processo il pianeta che hanno chiamato casa.