Game: Pokémon Puzzle Collection Il giocatore può scegliere tra una selezione di diversi tipi di puzzle. Inizialmente, le uniche opzioni sono Shadow Puzzle, Motion Puzzle e Rescue Mission, ma dopo aver completato 30 puzzle, viene sbloccata una quarta varietà, Power On. Ci sono 20 puzzle per tipo, divisi in cinque livelli, con quattro puzzle per livello. Più alto è il livello di un puzzle, più difficile è il puzzle. Una volta risolto un puzzle, il Pokémon coinvolto nel puzzle viene aggiunto al Pokédex del gioco, il Minidex.