Il gioco, simile al suo predecessore Super Nazo Puyo: Rulue no Roux, si concentra sulla risoluzione di puzzle utilizzando il gameplay standard di Puyo Puyo. Al giocatore viene chiesto di affrontare diversi obiettivi di eliminazione usando tavole e pezzi preimpostati, che vanno dall'eliminazione di tutti i Puyo di un colore specifico, all'eliminazione di tutti i Nuisance Puyo, alla creazione di una specifica lunghezza di catena, all'eliminazione di una certa quantità di Puyo contemporaneamente o semplicemente all'eliminazione dell'intera griglia. Ogni volta che il giocatore non riesce a risolvere un puzzle, la sua salute diminuisce, come indicato dalle espressioni di Rulue e dai Puyo sopra la sua testa che scendono lentamente al di sotto della barra. Se il giocatore esaurisce tutta la salute, otterrà un Game Over e potrà scegliere di ricominciare dall'ultimo personaggio con cui ha parlato o tornare alla schermata del titolo. Le barre sul lato destro dello schermo si riempiranno con ogni puzzle completato e, una volta completamente riempite, ripristineranno completamente la salute del giocatore. Il giocatore può anche scalare e ruotare due volte, e quante puzzle devono essere completate in ogni set sono indicate da stelle che si riempiono ad ogni puzzle completato. A differenza del predecessore, il gioco adotta uno stile RPG con una mappa del mondo, NPC e oggetti. Man mano che il giocatore progredisce nel gioco deve completare missioni sulla mappa del mondo recuperando oggetti o parlando con NPC, esplorando sei località principali per farlo; ciò rende il gioco meno lineare rispetto al suo predecessore. Il gioco è anche salvato nel menu, mentre il predecessore salva automaticamente.