La storia si svolge in un mondo immaginario in cui Mana rappresenta una fonte di energia eterea, ma finita. Qualche tempo fa, la Dea della Mana creò il mondo del gioco forgiando la potente Spada di Mana e sconfiggendo otto mostri della distruzione, i Benevodons — «Bestie di Dio» nelle traduzioni precedenti — con essa, sigillandoli all'interno di otto Pietre di Mana, prima di trasformarsi nell'Albero della Mana e addormentarsi. Il gioco è ambientato in un periodo in cui Mana inizia a svanire e la pace è finita, poiché diverse persone tramano di liberare i Benevodons dalle pietre per ottenere il potere supremo.