ClayFighter 2 ruota attorno alla città di Mudville, dove il meteorite di argilla è precipitato in ClayFighter. Venuto a conoscenza dello spettacolo che si è svolto in "Clayland", il malvagio Dr. Generic Kiln (che è menzionato solo nel libretto e non fa alcuna apparizione visiva fino a ClayFighter 63⅓ nel 1997) arriva volando sul suo velivolo contenente il residuo raccolto dal meteorite e lo diffonde nel resto di Mudville per creare altri combattenti. Si proclama gran maestro di Mudville dopo la caduta di N. Boss, l'ultimo boss dell'original ClayFighter. Tiene il torneo C-2 per vedere chi potrà diventare il prossimo gran maestro di Mudville.