Storia La storia di Knuckles' Chaotix varia tra le versioni giapponesi e occidentali del gioco, con trame completamente inconciliabili che separano le due. Giapponese Un'isola misteriosa emerse dal mare del sud pochi mesi dopo gli eventi di Sonic & Knuckles. Il dottor Eggman scoprì l'isola e trovò un misterioso piccolo anello inciso con testo risalente a una civiltà leggendaria. Subito dopo, Eggman trovò un altro anello antico simile a uno dei Super Anelli dell'Isola Fluttuante, che si rivelò essere l'Anello Speciale un tempo usato da quel popolo perduto. Lo spazio misterioso creato dall'Anello Speciale fu riempito dall'energia della Colonna del Master Emerald, che si cristallizzò in sei Chaos Rings. Dopo questo fenomeno, Eggman decise di proseguire l'indagine sull'Anello Speciale per svelare i segreti degli anelli usati da Sonic e dai suoi amici, nonché per teoricamente evocare il venerato Master Emerald. Ispirato, Eggman convertì rapidamente l'isola in un resort che battezzò Newtrogic High Zone, fungendo da sua fortezza di ricerca all'avanguardia. Cristallizzò energia in Dark Rings artificiali per le sue macchine, e iniziò a sviluppare Ring Power, che avrebbe creato una connessione spazio-temporale tra gli Anelli. Mighty the Armadillo, Espio the Chameleon, Vector the Crocodile, e Charmy Bee arrivarono sull'isola per motivi diversi, e finirono catturati e posizionati all'interno della macchina Combi Catcher da Eggman e Metal Sonic. Knuckles the Echidna, deducendo che qualcosa stesse amplificando la potenza della Colonna del Master Emerald, si diresse anch'egli verso l'isola e riuscì a salvare Espio lungo il cammino. I due si fecero quindi strada verso la World Entrance, dove trovarono gli altri, e proseguirono per impedire al Dottor Eggman di portare a termine i suoi piani. Occidentale La trama inizia il giorno prima dell'apertura di Carnival Island, un enorme resort di divertimenti con le ultime novità in attrazioni e giochi all'avanguardia. In qualità di guardiano dell'isola, il compito di Knuckles era di assicurarsi che nulla andasse storto prima dell'evento principale. Tuttavia, dietro le quinte, il Dottor Robotnik stava escogitando un nuovo piano malvagio. Per alimentare il suo ultimo dispositivo diabolico, Robotnik si recò a Carnival Island per trovare il Power Emerald che forniva elettricità all'intera isola — uno strumento che si sarebbe inserito perfettamente nei suoi piani. Per assicurarsi ulteriormente che Knuckles e i suoi amici non interferissero con i suoi piani, Robotnik usò la sua Combi Catcher per congelare Mighty the Armadillo, Espio the Chameleon, Vector the Crocodile e Charmy Bee nei tempi prestabiliti. Quando Knuckles tornò dalla pattuglia sull'estremità opposta dell'isola, trovò il Dottor Robotnik mentre stava imprigionando Espio the Chameleon in una Combi Catcher, facendo fuggire il cattivo e salvando Espio. Dopo di ciò, Knuckles scoprì di poter salvare i suoi altri amici una alla volta usando Ring Power, un potere che tiene due compagni insieme come un elastico magico. Non si fece mai indietro a lungo, Knuckles partì con la sua squadra per salvare Carnival Island da Robotnik prima della grande apertura.