Nel ruolo del tenente Ellen Ripley, il giocatore vive una storia liberamente derivata dai primi tre film della saga di Alien. A parte occasionali sequenze CGI, la trama viene narrata attraverso briefing di missione basati su testo che guidano il giocatore attraverso una storia ampliata, incentrata sull'azione, attingendo agli ambienti e ai personaggi della trilogia allora in corso piuttosto che alle trame specifiche dei film stessi. Il gioco inizia sostanzialmente nello stesso modo di Aliens, poiché Ripley—qui stessa una marine—viaggia verso LV-426 per ristabilire il contatto con la colonia lì. Gli altri marine vengono eliminati, quindi Ripley deve attraversare la colonia infetta e l'impianto penitenziario, e infine la nave aliena schiantata stessa, per distruggere gli alieni e fuggire.