Ambientato in un lontano futuro, l'umanità è nel bel mezzo di una guerra fredda con una razza aliena chiamata i Thanatosiani. Durante un'esercitazione di tiro da parte di una flotta terrestre che distruggerà un pianeta disabitato, il distruttore pesante Jeremiah O'Brien è infettato da un virus sconosciuto che muta l'equipaggio. Non più riconosciuti a causa delle modifiche nel loro DNA, il robot di sicurezza dell'O'Brien, semplicemente noto come "the Ship's Defender", li ritiene invasori e li uccide. Un apparente malfunzionamento tecnico ha fatto sì che il computer dell'O'Brien credesse di trovarsi in una vera situazione bellica e selezionasse il pianeta Calliope come bersaglio di distruzione. Come tutti i distruttori della classe Cerberus della flotta umana, l'O'Brien è dotato di un'arma chiamata "Iron Helix", in grado di distruggere tutta la vita su un pianeta in un solo atto. Un attacco a Calliope, pianeta Thanatosiano pacifico, farebbe diventare la guerra "hot". Il giocatore è a bordo della nave di esplorazione scientifica Indiana, e viene contattato dalle forze terrestri nel tentativo di fermare l'O'Brien, poiché era l'unica nave nelle vicinanze. Poiché la nave è infettata dal virus sconosciuto, il giocatore controlla invece da remoto un robot zoologico che viene inviato per esplorare. Poiché gran parte dei sistemi della nave sono bloccati usando rilevatori di DNA, il robot deve raccogliere campioni di DNA dell'equipaggio non contaminati per accedere a diverse aree protette a bordo. Il robot può anche interfacciarsi con le porte dati sull'O'Brien per azionare i suoi sistemi, dall'apertura delle porte all'emissione di comandi esecutivi.